毘沙門堂は天台宗五箇室門跡のひとつで、高い寺格と鄙びた山寺の風情を伝える古刹です。
創建は大宝三年（703）文武天皇の勅願で僧行基によって開かれました。
当初は出雲路（上京区・御所の北方）にあったことから護法山出雲寺といいました。
その後、たび重なる戦乱から苦難の道をたどり、寛文五年（1665）、山科安朱の地に再建。後西天皇の皇子公弁法親王が入寺してより門跡寺院となりました。
伝教大師が唐より将来された鎮将夜叉法という行法は、天台五箇大法のひとつとして当門跡だけに伝わる秘法です。
ご本尊に京の七福神のひとつ毘沙門天を祀ることからこの名があります。